Parallèlement à ses études de musicologie à la Sorbonne (Paris IV), sa curiosité envers les multiples formes d'expression artistique et courants de pensée actuels l'incite en 2006 à fonder un ensemble instrumental principalement consacré à la diffusion et à la création musicales, rapidement il adoptera le nom d'« Ensemble C Barré ».
Désirant rester proche des musiques instrumentales et vocales, il complète sa formation en participant à plusieurs classes d'interprétation et projets de direction auprès de l'ARIAM Ile-de-France. Il collabore ensuite avec le Chœur d'Assemblée de Radio France, le Chœur Contemporain, l'orchestre de chambre européen AME, l'Orchestre des Jeunes de Méditerranée, puis est invité par l'Orchestre Philharmonique de Radio France comme cithariste à plusieurs reprises. En 2013 il est sélectionné comme chef d'orchestre pour participer à l'Académie Internationale de l'Ensemble Modern en Autriche.
En 2009, à 24 ans, il est invité à préparer le Chœur de Radio France auprès de Matthias Brauer et d'Eliahu Inbal pour la création du Requiem de Thierry Lancino, suite à quoi il sera accueilli régulièrement pour de nouvelles productions. Parmi celles-ci figurent notamment Ariane et Barbe-Bleue de Paul Dukas (Salle Pleyel - 2011), Le Mandarin Merveilleux de Bartók (Festival Présences 2012), El Beso, création de Florent Motsch (émission Alla Breve - 2012) ou la création de la Missa Brevissima de Philippe Bodin (émission Alla Breve - 2014) pour lesquelles il travaille avec Jean Deroyer, Susanna Mälkki, Pascal Rophé et Mikko Franck.
Sébastien Boin est actuellement assistant de Roland Hayrabedian à l'ensemble Musicatreize et enseigne la direction musicale au CFMI d'Aix en Provence.