Ses programmes radiophoniques lui valent l’invitation d’Huw Wheldon à passer à la télévision, où Nupen crée un nouveau genre de documentaires de musique classique, intimiste, en utilisant les premières caméras silencieuses en 16 mm développées dans les années 1960. Son premier film, Double concerto, avec Vladimir Ashkenazy et Daniel Barenboïm, remporte deux prix internationaux (Prague et Monte Carlo) et est devenu une véritable œuvre pionnière dans ce domaine.
Nupen a travaillé avec des musiciens de premier plan comme Jacqueline du Pré, Vladimir Ashkenazy, Daniel Barenboim, Pinchas Zukerman, Itzhak Perlman, Zubin Mehta, Nathan Milstein, Andrés Segovia, Isaac Stern et Evgeny Kissin, la plupart desquels étaient aussi ses amis.
En 1968, il co-fonde Allegro Films, maison avec laquelle, en 1969, il réalise La Truite, documentaire sur le quintette pour piano homonyme de Schubert interprété par Jacqueline du Pré, Daniel Barenboïm, Itzhak Perlman, Pinchas Zuckerman et Zubin Mehta, probablement le film de musique classique le plus fréquemment rediffusé dans l’histoire du genre.
Nupen a également réalisé le DVD Jacqueline Du Pré in Portrait, figurant parmi les meilleures ventes de DVD classiques, et qui par ailleurs lui vaut le prix DVD de l'année 2005 à Cannes (ce coffret comprend les films Remembering Jacqueline Du Pré, Jacqueline du Pré et le concerto pour violoncelle d'Elgar, et Who Was Jacqueline Du Pré, disponibles sur medici.tv). Il remporte le même prix en 2006 avec We want the light. En 2017, à l'occasion du trentième anniversaire du décès de Jacqueline Du Pré, il publie A Gift Beyond Words (« Un don au-delà des mots »).
Nupen a été décrit par Sir Jeremy Isaacs et Sir Denis Forman comme un maître incontestable du genre dont il fut le pionnier, et son travail a été qualifié de source permanente de bonheur musical. De même, le philosophe d'Oxford et historien des idées Sir Isaiah Berlin place certaines des œuvres du réalisateur « au niveau le plus élevé que la télévision est capable d'atteindre ».
