С самого начала репертуар Греческой Национальной Оперы включал оперы, оперетты и балеты. Компания была открыта опереттой Летучая мышь, за которой последовала опера Джакомо Пуччини Мадам Баттерфляй. Мария Каллогеропулу (Каллас) дебютировала в компании, исполняя главные роли в операх, таких как Тоска Джакомо Пуччини, Фиделио Людвига ван Бетховена, Тифланд Эугена Д'Альберта и Мастер-строитель Манолиса Каломириса.
В 1944 году, до освобождения от немецкой оккупации, компания была отделена от Национального театра и начала свой независимый путь под названием Греческая Национальная Опера. Она была размещена в старом театре Олимпия на улице Академиас. Ее первой постановкой была Рея, опера греческого композитора Спиридона-Филискоса Самараса. Первым директором компании стал композитор Манолис Каломирис.
В 1958 году новый театр Олимпия был открыт с оперой Верди Аида. Репертуар компании значительно расширился в последующие годы, уделяя большое внимание своей образовательной миссии, в соответствии с философией, соответствующей сегодняшнему понятию культурного менеджмента. Каждый художественный период включал около 20 постановок, в то время как около 30 произведений в общей сложности получили свою греческую премьеру. Репертуар охватывал все периоды, от барокко до современных произведений, и все школы, от итальянской, французской и немецкой школы до национальных школ Восточной Европы и произведений греческих композиторов. Важные представления ставились в Одеоне Герода Аттика, а также в Древнем театре Эпидавра, с участием Марии Каллас.
Этому многообещающему художественному развитию помешал военный режим 1967 года. В семилетний период, последовавший за переворотом, Греческая Национальная Опера ввела свой регулярный ежегодный месячный сезон в Салониках, где были представлены почти все произведения каждого художественного сезона. После восстановления демократии в 1974 году в театр была приглашена новая генерация греческих артистов, вдохнувшая в него новую жизнь. В трудные годы политического перехода достойные директора возглавляли ГНО, поддерживая и обеспечивая его развитие и художественный рост, несмотря на финансовые и институциональные вызовы. Превращение ГНО в юридическое лицо частного права (1994) еще больше способствовало его развитию. Постепенно развивалась и с 2000 года начала процветать политика совместных постановок с ведущими оперными театрами из-за рубежа. Значительное расширение репертуара сопровождалось визуальным улучшением оперных спектаклей, а также международным продвижением организации. Параллельно политика экстраверсии, через мероприятия по всей стране, привела к расширению аудитории.
23 февраля 2017 года Культурный центр Фонда Ставроса Ниархоса, который включает в себя новый дом Греческой Национальной Оперы, был передан греческому государству. Первые представления компании были представлены на обеих ее площадках, в Зале Ставроса Ниархоса и на Альтернативной сцене, в пробный период весной 2017 года.
