После того как он утвердился исключительно как дирижер в 1959 году, он служил дирижером Оркестра Радио Ницца с 1959 по 1962 год. В 1962 году Герберт фон Караян выбрал Бодо для дирижирования Pelléas et Mélisande в Ла Скала, Милан. Более 10 лет Габриэль Дюссурже доверял Бодо многочисленные постановки на фестивале в Экс-ан-Провансе в репертуаре от Моцарта до Дебюсси.
Первым крупным назначением Сержа Бодо стало место постоянного дирижера в Парижской опере (1962-1965), а также он стал первым главным дирижером вновь созданного Оркестра Парижа (1967-1970). В сентябре 1970 года он дебютировал в Метрополитен-опера в Нью-Йорке, дирижируя Les Contes d'Hoffmann. Он был музыкальным директором Лионской оперы с 1969 по 1971 год, а затем Оркестра Филармонии Рона-Альпы (позже известного как Национальный оркестр Лиона) с 1971 по 1987 год. В качестве музыкального директора Национального оркестра Лиона он гастролировал в Китае, Японии, Корее, Чехословакии, Германии, Швейцарии, Канаде и США, все время поднимая художественный уровень оркестра на высочайший уровень. В 1979 году он основал Фестиваль Берлиоза в Лионе, способствуя лучшему пониманию оркестровых произведений Берлиоза, а также его опер. В 1987 году он дирижировал постановкой полной версии Les Troyens Берлиоза. Он был художественным руководителем этого Фестиваля Берлиоза до 1989 года. В 1989 году он завершил свое художественное руководство Национальным оркестром Лиона.
Кроме того, Серж Бодо выступал в качестве приглашенного дирижера с многими из самых важных оркестров и оперных компаний мира. Его выступления включали Метрополитен-опера, Венскую государственную оперу, Концертгебау, Би-би-си, Филармонический оркестр, Венский симфонический оркестр, Московский и Ленинградский симфонические оркестры, Лондонский филармонический оркестр, Оркестр Йомиури Ниппон, NHK, а также крупнейшие оркестры Германии, Нидерландов и Италии. В течение этого значительного периода приглашенного дирижирования он также дебютировал в Праге с ФОК и позже также дирижировал Пражским филармоническим оркестром (двумя самыми важными чешскими оркестрами).
Дискография Сержа Бодо особенно примечательна, включает записи с Лондонским филармоническим оркестром, Оркестром Парижа, Национальным оркестром Лиона и Пражским филармоническим оркестром. Эти записи уделяют особое внимание продвижению французского музыкального репертуара.
В последнее время Серж Бодо сосредоточил свое внимание на постановках в Берлине, Лейпциге, Брюсселе, Фонде Гулбенкяна в Лиссабоне и Радио Лугано. Он также имел большой успех в Театро Колон в Буэнос-Айресе с Jeanne d’Arc de Bucher с Изабель Караян в роли Жанны д’Арк.
Серж Бодо был назначен музыкальным директором Пражского симфонического оркестра (ФОК) в октябре 2001 года и получил Золотой ключ от этого города от мэра в 2010 году.
