Хотя в первые годы Арнонкурт считался специалистом по музыке Ренессанса и Барокко, что ему не очень нравилось, позже он исполнял произведения Классической и Романтической эпох. С 1985 года он регулярно участвует в ежегодном фестивале Styriarte в Граце, в планировании которого он помогает. На этом мероприятии он неоднократно исполнял и записывал целые циклы произведений Гайдна, Бетховена, Шумана, Шуберта, Мендельсона и Брамса с Камерным оркестром Европы.
Он является постоянным гостевым дирижером, особенно с Королевским оркестром Концертгебау в Амстердаме, а также с Венским и Берлинским филармоническими оркестрами. Первая оперная постановка Николауса Арнонкурта была Возвращение Улисса на родину Монтеверди в Театре ан дер Вин в 1971 году. Вскоре после этого он начал успешное сотрудничество с Жан-Пьером Поннелем в оперном театре в Цюрихе. После высоко оцененного цикла Монтеверди, исполненного между 1975 и 1979 годами в самых важных музыкальных центрах Европы (Эдинбург, Милан, Вена, Берлин, Мюнхен), последовал цикл Моцарта с 1980 по 1987 год. Николаус Арнонкурт сохранил свои тесные связи с оперным театром в Цюрихе до сегодняшнего дня. Новые постановки, которые он поставил в Венской государственной опере, в оперном театре в Амстердаме и в других местах, представили произведения Генделя, Рамо, Гайдна, Моцарта, Бетховена, Шуберта, Вебера и Иоганна Штрауса. Участие Николауса Арнонкурта в опере хорошо задокументировано на многочисленных записях.
Карьера Николауса Арнонкурта как дирижера как в области симфонического репертуара, так и в музыкальном театре привела его через Венскую классическую эпоху к романтическому репертуару и в двадцатый век. Лишь несколько станций на его карьерном пути включают цикл Моцарта с Венской государственной оперой и Коронацию Поппеи Монтеверди и Свадьбу Фигаро, Дон Жуана и Милосердие Тита Моцарта для Зальцбургского фестиваля. Между этими вехами он часто проводил время в Цюрихе, руководя постановками, включая Вольный стрелок Вебера, Замок дьявольских удовольствий и Альфонсо и Эстрелла Шуберта, Прекрасная Елена, Перикола и Великая герцогиня де Жерольштейн Оффенбаха, и Аиду Верди.
В области оркестровой работы Николаус Арнонкурт создал и в некоторых случаях заново открыл обширный репертуар с Оркестром Концертгебау в Амстердаме, Камерным оркестром Европы и Венским и Берлинским филармоническими оркестрами. Этот репертуар охватывает произведения Гайдна, Моцарта и Бетховена, а также Шуберта, Мендельсона, Шумана, Брамса, Дворжака и Брукнера до Белы Бартока и Альбана Берга.
Центральным местом для многих из этих проектов был и остается фестиваль Styriarte, основанный в 1985 году в Граце, который связывает Николауса Арнонкурта более тесно с его родным городом. Там он дирижировал многими произведениями, включая первое исполнение Геновевы Шумана, увертюру и драматическую смерть влюбленных из Тристана и Изольды Вагнера и в 2001 году Реквием Верди. В 2003 году состоялось исполнение его первой оперы в форме Великой герцогини де Жерольштейн Оффенбаха. Еще одним ярким событием стало сценическое исполнение Кармен Бизе на фестивале Styriarte в 2005 году.
Арнонкурт также стремился, как автор ряда признанных книг, переведенных более чем на 20 языков, передать свои взгляды на элемент диалога в музыке и передать свои знания как преподаватель. В течение двадцати лет он преподавал как профессор исполнительской практики в Университете музыки Моцартеум в Зальцбурге.
Его работа была отмечена многочисленными международными наградами. Николаус Арнонкурт является почетным членом Общества друзей музыки и Общества концертного дома в Вене (с 1992 года); он имеет почетную докторскую степень от Эдинбургского университета и от Моцартеума в Зальцбурге, а также является почетным членом университетов музыки в Граце и Вене. В 2002 году он был удостоен Музыкальной премии Эрнста фон Сименса и Премии Поляр в Стокгольме, а в 2005 году получил Премию Киото, самую важную независимую премию в области искусства, присуждаемую выдающимся международным личностям в области искусства и науки.
Дискография Николауса Арнонкурта включает почти 500 записей, многие из которых получили все основные международные премии в области классической музыки, включая GRAMMY® за его версию Страстей по Матфею. Его последняя награда — премия ECHO KLASSIK 2006 года за запись Мессии вместе с хором Арнольда Шёнберга и Concentus Musicus Vienna (82876640702 dhm/SONY Masterworks).
