Родом из Коста-Рики, Джон Нельсон учился в Джульярдской школе, где был удостоен премии Ирвинга Берлина за дирижирование. Он был музыкальным директором Симфонического оркестра Индианаполиса, Оперного театра Сент-Луиса и Музыкального фестиваля Карамор в Нью-Йорке. Он также был приглашенным дирижером Национального оркестра Лиона.
Джон Нельсон является музыкальным директором Оркестрового ансамбля Парижа с 1998 года. Он дирижировал в городах по всему миру; в Соединенных Штатах с оркестрами Нью-Йорка, Лос-Анджелеса, Филадельфии, Бостона и Кливленда; в Европе — Лондонским симфоническим оркестром, Королевским филармоническим оркестром, Дрезденской государственной капеллой, Лейпцигским оркестром Гевандхаус, Оркестром Парижа, Национальным оркестром Франции, Национальным оркестром Капитолия Тулузы. Он также выступал в Азии.
Джон Нельсон любит оперу, которую он впервые дирижировал в Нью-Йорке в 1972 году, а в Метрополитен-опере в 1974 году. Это укрепило его международную репутацию и привело к его европейскому дебюту в Гранд-театр де Женев с Троянцами Берлиоза и во Франции с Беатрис и Бенедикт. Впоследствии он дирижировал в некоторых из величайших оперных театров мира, включая Чикагскую лирическую оперу, Оперу-Бастилию, оперные театры Лиона и Рима, а также Монне де Брюссель.
Великие священные шедевры занимают центральное место в его работе. Он стал известен своими интерпретациями крупных хоровых произведений. Его приверженность этому репертуару привела его к созданию Soli Deo Gloria, организации, которая поощряет композиторов и дирижеров продвигать современную духовную музыку.
Его список записей богат и разнообразен, и он работал с EMI, Virgin Classics, Sony, Deutsche Grammophon, Decca, BMG, Erato и другими. Среди наград, полученных за его последние записи, — «Грэмми» за «Семелу» Генделя, «Diapason d’or de l’année» за «Беатрис и Бенедикт» Берлиоза и две «Victoires de la Musique classique», полученные в 2004 году с Оркестровым ансамблем Парижа. С сентября 2008 года Джон Нельсон является почетным музыкальным директором Оркестрового ансамбля Парижа.
