Обширность репертуара Джона Элиота Гардинера иллюстрируется более чем 250 записями, сделанными для крупных европейских звукозаписывающих компаний (преимущественно Deutsche Grammophon и Philips Classics), которые получили многочисленные международные награды. За годы своей деятельности Гардинер получил больше наград Gramophone, чем любой другой артист. Среди записей — шесть поздних месс Гайдна, а также альбом Santiago a Cappella, выпущенный на лейбле Emarcy в честь его тура Santiago Pilgrimage летом 2004 года. Совсем недавно он выпустил записи кантат Баха из тура Bach Pilgrimage 2000 года на собственном лейбле Soli Deo Gloria. Первая из этих записей была удостоена звания «Запись года» по версии Gramophone в 2005 году.
В феврале 2007 года сэр Джон Элиот Гардинер стал героем серии мероприятий «Domaine Privé» в Cité de la musique в Париже — недельного цикла событий, посвящённых музыке Рамо и его современников. В программу вошли концертные исполнения оперы Рамо «Кастор и Поллукс» и захватывающее сотрудничество с ансамблем Buskaid и танцевальной труппой Roussat-Lubek, которое недавно было повторено на фестивале BBC Proms.
В 2007 году он начал амбициозный проект, который завершится осенью 2008 года и включает двадцать восемь выступлений с пятью программами, основанными на произведениях Брамса, в исполнении Orchestre Révolutionnaire et Romantique и хора Монтеверди. В декабре 2007 года началось захватывающее сотрудничество между хором Монтеверди и Парижской оперой Комик: Джон Элиот Гардинер дирижировал Orchestre Révolutionnaire et Romantique и хором Монтеверди в восьми полностью сценических постановках оперы-буффа Эммануэля Шабрие «Звезда» (L’Étoile); в мае 2008 года он вернулся в Королевский оперный театр Ковент-Гарден, чтобы дирижировать «Симоном Бокканегрой».
В последнее время Джон Элиот Гардинер начал трёхлетний цикл исполнения произведений Бетховена с Лондонским симфоническим оркестром, а также выступал в качестве приглашённого дирижёра с Чешским филармоническим оркестром и Чикагским симфоническим оркестром.
В 1987 году Джон Элиот Гардинер получил почётную степень доктора Университета Лиона, а в 1996 году был назначен командором ордена Искусств и литературы (Commandeur dans l'Ordre des Arts et des Lettres). В 1992 году он стал почётным членом как Королевского колледжа Лондона, так и Королевской академии музыки. В 1998 году он был посвящён в рыцари в честь дня рождения королевы.
