Несмотря на это престижное наследие, Донаньи не автоматически выбрал будущее в музыке. Во-первых, война глубоко повлияла на молодого человека, чей отец был убит нацистами. Однако после изучения права, пример Шолти повлиял на возвращение Донаньи к музыкальной карьере. Две встречи оказались решающими: советы, полученные от Ференца Фричая, и затем в 1952 году, когда он встретил Леонарда Бернстайна в Тэнглвуде.
Началось тщательное обучение ремеслу. В 1957 году Кристоф фон Донаньи был назначен музыкальным директором Любекской оперы. Впоследствии он занимал должности в Касселе (1963), Франкфурте (1968) и Гамбургской опере в 1975 году. Затем он стал музыкальным директором Кливлендского оркестра в 1984 году. В 2004 году он был назначен постоянным дирижером Парижской оперы. Вдали от того, чтобы позволить своему репертуару диктоваться ему, Донаньи сталкивается с трудными современными произведениями (Шёнберг, Барток, Шнитке и Лютославский) и раскрывает иногда тонкие связи между композиторами прошлого и современности.
Кристоф фон Донаньи подвел итог своему пониманию трудностей и опасностей, присущих обязанностям оркестрового дирижирования, в разговоре с Робером Парьенте. «Дирижирование», утверждал он, «это странная профессия, состоящая из множества противоречий: это, по сути, деятельность, где истина соседствует с ее противоположностью». Оркестровая яма, в традиции самых выдающихся хормейстеров, включая этого исключительного дирижера, была, безусловно, самым эффективным местом для музыкального обучения, где шедевры могут быть обработаны с максимальной целостностью.
