В 2001 году он был назначен помощником дирижера Национального симфонического оркестра Узбекистана и стал главным дирижером в 2006 году.
В 2010 году его карьера получила новый поворот в Бамберге, когда он был удостоен Второй премии на престижном международном конкурсе дирижеров имени Густава Малера. Эта награда дала ему возможность работать с музыкальными тяжеловесами, такими как Дрезденская государственная капелла, Лондонский филармонический оркестр, Люцернский симфонический оркестр и Симфонический оркестр Милана имени Джузеппе Верди. В августе 2016 года Азиз Шохакимов выиграл премию молодых дирижеров Герберта фон Караяна на Зальцбургском фестивале. Два года спустя он дирижировал на открытии фестиваля вместе со скрипачкой Патрисией Копачинской.
С 2017 года он обеспечивает художественное руководство Филармоническим оркестром Текфен (Турция). Он также дирижировал международно признанными оркестрами несколько раз. В 2019 году он выделился во главе Филармонического оркестра Радио Франции в программе, посвященной Шостаковичу. В июне 2021 года его срочно пригласили заменить сэра Джона Элиота Гардинера во главе Симфонического оркестра Баварского радио в Мюнхене в программе, посвященной Брамсу и Дворжаку. В предстоящих сезонах Маэстро приглашен дирижировать Венским симфоническим оркестром, Оркестром Швейцарской Романской и Сеульским филармоническим оркестром, среди прочих.
Параллельно своей симфонической карьере Азиз Шохакимов также активно занимается лирическим искусством. В качестве капельмейстера в Немецкой опере на Рейне (Дюссельдорф и Дуйсбург) с 2015 по 2021 год он дирижировал из оркестровой ямы немецкого оперного театра в ряде постановок, включая Мадам Баттерфляй, Саломея, Тоска и Пиковая дама.
Виртуоз выпустил прекрасный CD, посвященный Веберу (Mirare, 2017) с кларнетистом Рафаэлем Севером и Немецким симфоническим оркестром Берлина.
Его первая встреча с Филармоническим оркестром Страсбурга состоялась в 2014 году в программе, посвященной Малеру и Шостаковичу. Азиз Шохакимов с теплотой вспоминает этот опыт и нашел музыкантов оркестра "сияющими", утверждая, что вскоре "развил тесные, дружеские отношения с ансамблем". Он регулярно сотрудничает с оркестром и был назначен их музыкальным и художественным руководителем в июле 2020 года. Он приступает к своей роли в сентябре 2021 года, для сезона 2021|2022, который он с нетерпением ждет, чтобы поделиться с аудиторией.
