Né à New York, Murray Perahia a commencé à jouer du piano à quatre ans, puis a suivi des cours au Mannes College où il a reçu un diplôme en direction et composition. Il a passé de nombreux étés au Malboro Festival, où il a collaboré avec des musiciens tels que Rudolf Serkin, Pablo Casals, et les membres du Quatuor de Budapest. Il a également étudié avec Mieczyslaw Horszowski. Ensuite, il a développé une forte amitié avec Vladimir Horowitz, dont les opinions et la personnalité l'ont beaucoup inspiré. En 1972, Murray Perahia a gagné le concours de piano Leeds International Piano Competition et a donné en 1973 son premier concert au Aldeburgh Festival, où il a étroitement travaillé avec Benjamin Britten et Peter Pears, et accompagné ce dernier lors de nombreux récitals. Murray Perahia fut directeur artistique du festival de 1981 à 1989.
Récemment, Perahia a lancé le projet ambitieux d'éditer l'intégralité des sonates de Beethoven pour les éditions Henle Urtext. Il a également produit et édité de nombreuses heures d'enregistrement de masterclasses découvertes récemment et données par le pianiste légendaire Alfred Cortot, ce qui a produit le CD Sony "Alfred Cortot: The Master Classes."