Dans son pays natal, Jun Märkl a dirigé l’Orchestre d’État de Bavière, l’Orchestre philharmonique de Munich, la Staatskapelle et le Deutsches Symphonie-Orchester de Berlin, ainsi que les orchestres symphoniques de Bamberg, du WDR (Cologne) et du NDR (Hambourg). En France, il s’est produit à la tête de l’Orchestre de Paris et de l’Orchestre philharmonique de Radio France. Il est invité en outre par l’Orchestre de la Radio danoise, les Orchestres philharmoniques d’Helsinki, Rotterdam et des Pays-Bas et le City of Birmingham Symphony Orchestra. Jun Märkl a fait ses débuts américains en 1998 avec le Dallas Symphony. Depuis lors, il est invité et réinvité par de grands orchestres d’Amérique du Nord comme ceux de Boston, Chicago, Philadelphie, St. Louis, Dallas, Baltimore, Atlanta, Seattle, Montréal, Toronto et du Minnesota. Jun Märkl entretient des liens étroits avec le Japon, le pays d’origine de sa mère. Chaque année, il dirige plusieurs fois l’Orchestre symphonique du NHK, à Tokyo. De 2001 à 2004, il a dirigé la première intégrale japonaise de la Tétralogie de Wagner au Nouveau Théâtre national de Tokyo. Il apparaît régulièrement au Pacific Music Festival et à la tête de l’Orchestre de chambre de Mito.
Depuis son premier succès en décembre 1993 dans Tosca, Jun Märkl est devenu l’un des chefs favoris de la Staatsoper de Vienne. En 1996, il a fait ses débuts à Covent Garden dans Le Crépuscule des dieux. Deux ans plus tard, il a dirigé Le Trouvère au Metropolitan Opera de New York, où il a été réinvité la saison suivante dans La traviata. Chef permanent de la Staatsoper de Bavière (Munich) pendant plusieurs années, il a tissé des liens privilégiés avec la Semperoper de Dresde, la Staatsoper et la Deutsche Oper de Berlin.
En complément de ses activités lyonnaises, Jun Märkl est, depuis la saison 2007-2008, chef principal et directeur artistique du MDR Sinfonieorchester (Orchestre de la Radio de Leipzig). Jun Märkl a enregistré des disques chez Exton, EMI, Capriccio et Altus (avec l’Orchestre de la NHK, et noue aujourd’hui de nouveaux liens avec PentaTone, Querstand et Naxos).
