Son répertoire s’étend de la musique médiévale aux oeuvres contemporaines et c’est sans doute dans un article d’octobre 2003 de l’International Record Review que l’on trouve la meilleure définition de son art : elle « possède une voix de soprano claire et naturelle, qui sonne juste sans se forcer, et son vibrato n’est qu’un moyen parmi d’autres pour rendre ce frémissement expressif dans l’Oratorio de Noël ».
Elle a collaboré avec des spécialistes de la musique baroque comme Philippe Herreweghe, Ton Koopman, Frans Brüggen, René Jacobs, Reinard Goebel et Paul McCreesh mais aussi avec des chefs comme Kent Nagano, Daniel Harding, Valery Gergiev ou Peter Eötvös. Johannette Zomer donne régulièrement des récitals, accompagnée par un spécialiste du pianoforte, Arthur Schoonderwoerd (avec lequel elle a enregistré Kennst du das Land ? un disque très réussi consacré aux lieder de Schubert paru chez Alpha en 2003), ou par le joueur de théorbe, Fred Jacobs.
Elle est, par ailleurs, membre des ensembles de musique ancienne Compania Vocale et Antequera avec lesquels elle explore le répertoire napolitain et espagnol et celui des cantigas médiévales. En octobre 1996, elle a fait ses débuts à l’opéra dans le rôle de Tebaldo, dans Don Carlo de Verdi avec le Nationale Reisopera.
