Par la suite, il prend la direction de l’Orchestre de la Société Philharmonique de Paris et de la Société des Concerts du Conservatoire de Paris, tout en continuant d’enseigner à l’Ecole Normale de Musique de Paris.
Durant la Deuxième guerre mondiale éclate, il apporte son aide active à la Résistance en reversant ses cachets et en protégeant des musiciens juifs ou des résistants recherchés par la Gestapo. Par conviction, il refusera même de diriger en Allemagne… En novembre 1944, lorsqu’il apprend la libération de Strasbourg, il interrompt le concert qu’il est en train de donner à Paris et fait jouer La Marseillaise à son orchestre arrachant des larmes d’émotion au public.
La fin de la guerre voit sa carrière de chef se développer à l’international. Charles Munch est invité à diriger dans les plus grandes villes américaines : New-York, Chicago et surtout Boston, puisque en 1949, il prend la succession de Serge Koussevitzky à la tête du mythique Orchestre symphonique de Boston.
A la tête de l’Orchestre de Boston, il effectue deux grandes tournées européennes : en 1952 et en 1956. Au cours de cette même année, dans le contexte de la « guerre froide » et la lutte idéologique soviéto-américaine, Charles Munch et son orchestre seront la première formation américaine à jouer en URSS. En 1962, Charles Munch quitte Boston pour mener une carrière de chef invité.
De retour en France, il dirige à de nombreuses reprises l’Orchestre National de la Radiodiffusion Française (actuellement l’Orchestre National de France) et l’Orchestre des Concerts Lamoureux.
En 1967 et sur la demande de Marcel Landowski, alors directeur de la musique, et du Ministre de la Culture André Malraux, Munch accepte de présider à la naissance de l’Orchestre de Paris. Il dirige le premier concert de l’orchestre le 14 novembre 1967 au Théâtre des Champs Elysées. La naissance de l’Orchestre de Paris est saluée comme un évènement national.
Après une série de concerts triomphaux aux Etats-Unis et au Canada, Charles Munch donne son ultime concert à Raleigh, en Caroline du Nord à la tête de l’Orchestre de Paris le 3 novembre 1968. Il décède trois jours plus tard à l’âge de 77 ans.
