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希腊国家歌剧院（GNO）成立于1939年，得益于作家、记者、皇家（国家）剧院院长兼八月四日梅塔克萨斯独裁政权艺术与文学总监科斯蒂斯·巴斯蒂亚斯的倡议。其创立延续了爱奥尼亚群岛长达150年的繁荣歌剧传统——这些岛屿未曾遭奥斯曼帝国占领——以及希腊最重要的私营歌剧公司“希腊旋律剧团”（1888—1943）长达半个世纪的活动。初创时期，这家新成立的剧团隶属于皇家剧院，并在阿吉乌·康斯坦丁努街的主舞台演出。
自创立伊始，希腊国家歌剧院的剧目便包括歌剧、轻歌剧和芭蕾舞。剧院以轻歌剧 《蝙蝠》揭幕，随后上演贾科莫·普契尼的 《蝴蝶夫人》。玛丽亚·卡洛格罗普卢（卡拉斯）在此剧院首次登台，在贾科莫·普契尼的 《托斯卡》、路德维希·范·贝多芬的 《费德里奥》、欧根·达尔贝尔的 《低地》 以及马诺利斯·卡洛米里斯的 《建筑大师》等歌剧中饰演主角。
1944年，在摆脱德国占领、获得解放之前，剧院从国家剧院中分离出来，以希腊国家歌剧院之名开启独立发展之路。剧院落户于学院街的旧奥林匹亚剧院。其首部制作是希腊作曲家斯皮里登-菲利斯科斯·萨马拉斯创作的歌剧 《瑞亚》。剧院首任院长为作曲家马诺利斯·卡洛米里斯。
1958年，新建的奥林匹亚剧院以威尔第的 《阿依达》揭幕。此后数年间，剧院剧目大幅扩展，并着重其教育使命，秉持与当今文化管理理念相契合的方针。每个演出季约包含20部制作，另有总计约30部作品在希腊首演。剧目涵盖从巴洛克至当代作品的所有时期，以及从意大利、法国和德国乐派到东欧民族乐派及希腊作曲家作品的所有流派。重要演出曾在希罗德·阿提库斯剧场和埃皮达鲁斯古剧场举行，由玛丽亚·卡拉斯担纲主演。
这一充满希望的艺术发展因1967年的军政府而中断。在政变后的七年间，希腊国家歌剧院在塞萨洛尼基开设了每年定期举行、为期一个月的演出季，几乎呈现了每个演出季的全部作品。1974年民主制度恢复后，新一代希腊艺术家受邀来到剧院，为其注入新的活力。在艰难的政治转型时期，优秀的院长们执掌希腊国家歌剧院，尽管面临财政和体制方面的挑战，仍支持并确保了其发展与艺术成长。将希腊国家歌剧院转为私法法人实体（1994年）进一步推动了其发展。与国外顶尖歌剧院联合制作的政策逐步形成，并自2000年起蓬勃发展。剧目显著扩展的同时，歌剧演出在视觉呈现上也获得提升，剧院的国际推广亦同步展开。与此同时，通过在全国各地举办外展活动所推行的对外拓展政策，扩大了观众群体。
2017年2月23日，作为希腊国家歌剧院新址的斯塔夫罗斯·尼亚尔霍斯基金会文化中心移交给希腊政府。2017年春季试运行期间，剧院首次在其两处场地——斯塔夫罗斯·尼亚尔霍斯大厅和替代舞台——举行演出。