1989년, 그는 명망 높은 단체의 수장으로 헤르베르트 폰 카라얀의 뒤를 이어 2002년까지 그 자리를 지켰다. 베를린 음악가들과 함께 그는 베토벤 교향곡 전곡을 두 번째로 녹음했으며(도이치 그라모폰, 2000), 2001년 1월 5일부터 2월 15일까지 로마 산타 체칠리아 국립음악원에서 이를 연주했다. 이 열정적인 관객 앞에서 연주된 기억에 남는 시리즈는 로마에서 촬영되었으며, 아홉 번째 교향곡만 베를린에서 촬영되었다.
클라우디오 아바도가 매우 소중히 여기는 이 서양 음악사의 기념비는 베토벤이 1799년부터 1823년까지 25년이 채 안 되는 기간에 작곡했다. 이 기념비는 작곡가의 삶 대부분을 아우르는데, 그는 31세에 첫 번째 교향곡을, 54세에 아홉 번째 교향곡을 썼다. 베토벤 이후로는 하이든처럼 100곡에 달하는 교향곡을 작곡하는 시대가 끝났다. 그때부터 음악가들은 각기 독특한 개성을 담은 약 10곡의 교향곡을 작곡했다.
이 기념비는 웅장하지만 친숙하다. 루트비히 판 베토벤의 교향곡은 서양 음악에서 가장 폭넓은 청중에게 호소하는 예의 본보기다. 그래서 정치적 목적으로도 널리 사용되었으며(아홉 번째 교향곡의 환희의 송가는 공식 유럽 국가), 상업적 목적(광고)과 영화(스탠리 큐브릭의 시계태엽 오렌지 등)에도 활용되었다.
자유의 상징이자 독립의 행위로서 베토벤의 교향곡은 인간 존엄성에 대한 환상적인 믿음의 표현이며, 그에 따라 각 교향곡에서 자신을 발견하게 된다. 아바도는 이러한 곡들을 감정을 만족시키기보다 숭고함을 앞세우는 위엄으로 지휘한다. 그리고 베를린 필하모닉 오케스트라가 만들어내는 믿을 수 없는 소리 덕분에, 아름다움은 인간의 승리가 된다.