만프레드 호넥은 비엔나의 주네스 오케스트라의 지휘자로서 경력을 시작했으며, 이 오케스트라는 그가 공동 창립한 단체입니다. 또한 비엔나의 구스타프 말러 청소년 오케스트라에서 클라우디오 아바도 보조 지휘자로 활동했습니다. 이후 그는 취리히 오페라 하우스에 채용되어 1993년에 권위 있는 유럽 지휘자상을 수상했습니다. 1997년에는 오슬로의 노르웨이 국립 오페라 음악 감독직을 1년간 맡았습니다.
1996년 만프레드 호넥은 MDR 라이프치히 심포니 오케스트라의 세 명의 주요 지휘자 중 한 명으로 3년간 활동을 시작했으며, 1997년에는 오슬로의 노르웨이 국립 오페라 음악 감독으로 1년간 재직했습니다. 오슬로 필하모닉과의 유럽 투어가 큰 성공을 거두면서 이 오케스트라와 긴밀한 협력이 시작되었고, 그는 수년간 수석 객원 지휘자 직을 맡았습니다. 2000년부터 2006년까지는 스웨덴 라디오 심포니 오케스트라의 음악 감독을 역임했습니다. 2007년 만프레드 호넥은 슈투트가르트 국립 오페라 음악 감독직을 맡았으며, 2008년 9월부터는 프라하 체코 필하모닉 오케스트라의 수석 객원 지휘자가 되었습니다. 2007년 1월, 피츠버그 심포니 오케스트라를 여러 차례 성공적으로 객원 지휘한 후, 그는 이 오케스트라의 아홉 번째 음악 감독으로 임명되어 2008/2009 시즌부터 그 직을 시작했습니다.
객원 지휘자로서 만프레드 호넥은 BR 심포니 오케스트라, 베를린 독일 심포니 오케스트라, 라이프치히 게반트하우스 오케스트라, 드레스덴 작센 국립 오케스트라, 로열 콘세르트허바우 오케스트라, 런던 필하모닉 오케스트라, 프랑스 라디오 필하모닉 오케스트라, 체코 필하모닉, 비엔나 필하모닉 등 주요 국제 오케스트라와 미국의 시카고 심포니 오케스트라, 로스앤젤레스 필하모닉, 워싱턴 내셔널 심포니 오케스트라, 보스턴 심포니 오케스트라와 함께 작업했습니다.
오페라 분야에서는 드레스덴 젬퍼오퍼, 베를린 코미셰 오퍼, 브뤼셀 드 라 모네 극장, 코펜하겐 왕립 오페라에서 활동했습니다. 그는 모차르트의 코지 판 투테를 상트페테르부르크 백야 축제와 잘츠부르크 축제에서 지휘했으며, 이 작품을 슈투트가르트에서의 첫 성공적인 공연으로 선택했습니다. 그의 첫 시즌 총감독으로서의 공연에는 베를리오즈의 레 트로이앵과 모차르트의 이드메네오 초연이 포함되었습니다. 2009년 7월에는 베르비에 페스티벌에서 모차르트의 돈 조반니 콘서트 공연을 지휘했습니다.
