当初から、ギリシャ国立オペラのレパートリーはオペラ、オペレッタ、バレエで構成されていました。団体はオペレッタのDie Fledermausで開幕し、続いてジャコモ・プッチーニのマダマ・バタフライが上演されました。マリア・カロゲロプーロウ（カラス）は、ジャコモ・プッチーニのトスカ、ルートヴィヒ・ヴァン・ベートーヴェンのフィデリオ、ユージン・D・アルベルトのティーフラント、そしてマノリス・カロミリスのザ・マスタービルダーなどのオペラで主役を演じ、団体でデビューしました。
1944年、ドイツ占領からの解放前に、団体は国立劇場から分離され、ギリシャ国立オペラの名のもと独立の道を歩み始めました。アカデミアス通りの旧オリンピア劇場に拠点を置きました。最初の公演はギリシャの作曲家スピリドン＝フィリスコス・サマラスのオペラレアでした。団体の初代監督は作曲家のマノリス・カロミリスでした。
1958年、新築のオリンピア劇場はヴェルディのアイーダで開幕しました。その後数年間で団体のレパートリーは大幅に拡大され、今日の文化経営の概念に対応した哲学に沿って教育的使命に重点が置かれました。各芸術期には約20作品が上演され、合計約30作品がギリシャ初演を迎えました。レパートリーはバロックから現代作品までのすべての時代を網羅し、イタリア、フランス、ドイツの各流派から東ヨーロッパの国民的流派、そしてギリシャの作曲家の作品まで含まれていました。重要な公演はヘロデス・アティコスのオデオンやエピダウロスの古代劇場でも行われ、マリア・カラスが主演しました。
この有望な芸術的発展は1967年の軍事政権によって中断されました。クーデター後の7年間、ギリシャ国立オペラはテッサロニキで定期的な年間月間シーズンを導入し、ほぼすべての作品が各芸術シーズンで上演されました。1974年の民主主義回復後、新世代のギリシャの芸術家たちが劇場に招かれ、新たな息吹をもたらしました。政治的移行の困難な時期にも、価値ある監督たちがGNOの指揮を執り、財政的および制度的な課題にもかかわらず、その発展と芸術的成長を支え確保しました。GNOを私法上の法人に転換したこと（1994年）は、その発展をさらに促進しました。海外の主要なオペラハウスとの共同制作の方針が徐々に発展し、2000年以降に花開きました。レパートリーの大幅な拡大に続いて、オペラの視覚的な演出の向上や組織の国際的なプロモーションが行われました。同時に、国内各地でのアウトリーチイベントを通じた外向きの方針により、観客層の拡大が実現しました。
2017年2月23日、ギリシャ国立オペラの新拠点を含むスタヴロス・ニアルコス財団文化センターがギリシャ国家に引き渡されました。団体の最初の公演は、試行期間中の2017年春に、スタヴロス・ニアルコス・ホールとオルタナティブ・ステージの両会場で行われました。
