初期にはハルンンクルトはルネサンスおよびバロック音楽の専門家と見なされていましたが、そのレッテルを好まなかったものの、後には古典派やロマン派の作品も演奏しました。1985年以降は、彼が企画に携わるグラーツの年次シュティリアルテ音楽祭に定期的に参加しています。この音楽祭では、ハイドン、ベートーヴェン、シューマン、シューベルト、メンデルスゾーン、ブラームスの作品をヨーロッパ室内管弦楽団と共に繰り返し演奏・録音しています。
彼は特にアムステルダムのロイヤル・コンセルトヘボウ管弦楽団、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団の常連客演指揮者です。ニコラウス・ハルンンクルトの最初のオペラ演出は1971年のウィーン劇場でのモンテヴェルディのイル・リトルノ・ディ・ウリッセ・イン・パトリアでした。その直後、チューリッヒ歌劇場でジャン＝ピエール・ポネルとの相互に成功した協力関係を開始しました。1975年から1979年にかけてヨーロッパの主要な音楽都市（エディンバラ、ミラノ、ウィーン、ベルリン、ミュンヘン）で上演された高く評価されたモンテヴェルディ・サイクルに続き、1980年から1987年にかけてモーツァルト・サイクルが続きました。ニコラウス・ハルンンクルトは現在もチューリッヒ歌劇場との緊密な関係を維持しています。ウィーン国立歌劇場、アムステルダム歌劇場、その他の会場で彼が演出した新制作では、ヘンデル、ラモー、ハイドン、モーツァルト、ベートーヴェン、シューベルト、ウェーバー、ヨハン・シュトラウスの作品が上演されました。ニコラウス・ハルンンクルトのオペラへの関与は多くの録音でよく記録されています。
ニコラウス・ハルンンクルトの指揮者としてのキャリアは、交響曲レパートリーと音楽劇の両分野で、ウィーン古典派からロマン派、そして20世紀音楽へと至っています。彼のキャリアのいくつかの節目には、ウィーン国立歌劇場でのモーツァルト・サイクル、ザルツブルク音楽祭でのモンテヴェルディのポッペアの戴冠、モーツァルトのフィガロの結婚、ドン・ジョヴァンニ、ティートの慈悲があります。これらの間には、チューリッヒでウェーバーの魔弾の射手、シューベルトの悪魔の喜劇の館とアルフォンソとエストレラ、オッフェンバックの美しきエレーヌ、ラ・ペリコール、ジェロルスタン大公妃、ヴェルディのアイーダなどの演出に多くの時間を費やしました。
オーケストラの分野では、ニコラウス・ハルンンクルトはアムステルダムのコンセルトヘボウ管弦楽団、ヨーロッパ室内管弦楽団、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団と共に広範なレパートリーを築き、時には再発見しました。このレパートリーはハイドン、モーツァルト、ベートーヴェンからシューベルト、メンデルスゾーン、シューマン、ブラームス、ドヴォルザーク、ブルックナーを経て、ベーラ・バルトークやアルバン・ベルクにまで及びます。
これら多くのプロジェクトの中心的な会場は、1985年にグラーツで設立されたシュティリアルテ音楽祭であり、ニコラウス・ハルンンクルトを故郷の都市とより密接に結びつけています。ここで彼はシューマンのゲノヴェーヴァの初演、ワーグナーのトリスタンとイゾルデの序曲と恋人たちの劇的な死、2001年のヴェルディのレクイエムなど多くの作品を指揮しました。2003年にはオッフェンバックのジェロルスタン大公妃で彼の初のオペラ上演が行われました。さらに2005年にはシュティリアルテでビゼーのカルメンの舞台上演が大きなハイライトとなりました。
ハルンンクルトはまた、20以上の言語に翻訳された多数の著書の著者として、音楽における対話の要素に関する自身の見解を伝え、教育者としての知識を後進に伝える努力もしています。20年間、ザルツブルクのモーツァルテウム音楽大学で演奏実践の教授を務めました。
彼の業績は数多くの国際的な賞で称えられています。ニコラウス・ハルンンクルトはウィーンの音楽愛好家協会およびコンサートハウス協会の名誉会員（1992年より）、エディンバラ大学およびザルツブルクのモーツァルテウムから名誉博士号を授与されており、グラーツおよびウィーンの音楽大学の名誉会員でもあります。2002年にはエルンスト・フォン・ジーメンス音楽賞とストックホルムのポーラ賞を受賞し、2005年には芸術と科学の分野で卓越した国際的な人物に贈られる世界で最も重要な独立芸術賞である京都賞を受賞しました。
ニコラウス・ハルンンクルトのディスコグラフィーは約500枚の録音で構成されており、その多くは国際的な主要クラシック音楽賞を受賞しています。特に彼のマタイ受難曲の録音はグラミー賞を受賞しました。彼の最新の受賞は、2006年にアーノルド・シェーンベルク合唱団およびコンチェントゥス・ムジクス・ウィーンと共に録音したメサイアに対するエコー・クラシック賞（82876640702 dhm/SONY Masterworks）です。
