1990年、プレトニョフはロシア史上初の独立オーケストラを結成しました。ゴルバチョフの支持があったとはいえ、この一歩は非常に大きなリスクを伴い、彼の名声と献身が長年の夢を現実のものとしました。新しい芸術モデルへのビジョンを共有し、多くの国内最高の音楽家たちがプレトニョフと共にロシア国立管弦楽団を立ち上げました。彼の指導の下、RNOはわずか数年で世界のオーケストラの中で高い地位を築きました。プレトニョフはRNOを自身の最大の喜びと表現し、現在はその芸術監督兼首席指揮者を務めています。2006年には、RNOの年次ヴォルガ・ツアーやドイツ・グラモフォンとの共同によるミハイル・プレトニョフ・ベートーヴェン・プロジェクトなど、主要な文化イニシアチブやプロジェクトを支援する非営利団体「ミハイル・プレトニョフ国立文化支援基金」を設立しました。
ゲスト指揮者として、プレトニョフはロンドン・フィルハーモニア管弦楽団、マーラー室内管弦楽団、東京フィルハーモニー交響楽団、コンセルトヘボウ管弦楽団、ロンドン交響楽団、ロサンゼルス・フィルハーモニック、バーミンガム市交響楽団などの主要オーケストラに定期的に登場しています。2008年にはスイスのルガーノにあるオーケストラ・デッラ・スヴィッツェラ・イタリアーナの初代ゲスト指揮者に任命されました。
ソロピアニストおよびリサイタリストとして、プレトニョフは世界の音楽の都で定期的に演奏しています。彼の録音とライブパフォーマンスは、幅広いレパートリーの卓越した解釈者であることを証明しています。ロンドン・テレグラフ紙は「プレトニョフの指と頭脳からは、音楽に活力を与え、新鮮さと機知に満ちたアイデアが生まれる。[彼は]音楽を喜びで跳ね上がらせた」と評しました。タイムズ紙は彼の演奏を「想像力豊かな驚異的な技巧から生まれた、極めて美しい演奏」と表現しています。
プレトニョフの録音は数々の賞を受賞しており、2005年には自身の編曲によるプロコフィエフの『シンデレラ』二台ピアノ版のCDでグラミー賞を受賞しました。この録音はマルタ・アルゲリッチとプレトニョフが鍵盤を担当しました。2004年のシューマン『交響的練習曲』のCDや、2003年のラフマニノフとプロコフィエフのピアノ協奏曲第3番をRNOと指揮者ムスティスラフ・ロストロポーヴィチと共に録音したCDでもグラミー賞にノミネートされました。スカルラッティの鍵盤ソナタ集（ヴァージン/EMI）は1996年にグラモフォン賞を受賞しました。BBCミュージックマガジンはこの録音を「最高のピアノ演奏…この演奏だけでもプレトニョフを史上最高のピアニストの一人に位置づけるに十分」と評しました。2007年にはドイツ・グラモフォンと共にベートーヴェンのピアノ協奏曲全集を録音し、協奏曲第2番と第4番の録音は東京レコードアカデミーによって「2007年のベスト協奏曲録音」に選ばれました。
作曲家としてのプレトニョフの作品には、『クラシカル・シンフォニー』、『交響楽のための三連画』、『カザフの主題による幻想曲』、『ピアノと管弦楽のためのカプリッチョ』などがあります。彼の卓越したピアノ編曲には、チャイコフスキーの『くるみ割り人形組曲』と『眠れる森の美女』があり、これらは1998年のアンソロジー『20世紀の偉大なピアニストたち』（フィリップス・クラシックス）に、彼のチャイコフスキー『ピアノ協奏曲第2番』と『四季』の演奏とともに収録されました。
音楽家の両親のもとに生まれたプレトニョフは、幼少期から指揮や複数の楽器の習得に励み、十代でモスクワ音楽院に入学しました。今日ではロシアで最も尊敬され影響力のあるアーティストの一人です。ロシア文化評議会の顧問を務め、2007年には国の芸術生活への貢献により大統領賞を受賞しました。ピアニスト、指揮者、作曲家、文化指導者としての顔を持つミハイル・プレトニョフですが、彼自身は単に「音楽家」として自らを捉えています。
