1987年にロベルト・シューマンの故郷であるツヴィッカウで生まれたヘッカーは、幼い頃から音楽への情熱を育み、5歳でチェロの学習を始めました。著名なドイツのチェリスト、ペーター・ブルンスが彼女の主な師となりました。彼女はハインリヒ・シフと共に学び、その後アナー・ビルスマ、フランス・ヘルムソン、バーナード・グリーンハウス、ゲイリー・ホフマン、スティーヴン・イッセルリスなどの著名な音楽家によるマスタークラスにも参加しました。12歳でドイツの重要な「ユゲント・ムジキート」コンクールで優勝し、2001年のドッツァウアーコンクールで特別賞を受賞、2009年にはボルレッティ=ブイトーニ・トラスト賞を受賞するなど、早くから注目を集めました。
これまでのキャリアのハイライトには、BBC交響楽団、ドイツ交響楽団ベルリン、スカラ座管弦楽団、ライプツィヒ・ゲヴァントハウス管弦楽団、ドレスデン・フィルハーモニー管弦楽団、イスラエル・フィルハーモニー管弦楽団、クレメラータ・バルティカ、マーラー室内管弦楽団、マリインスキー劇場管弦楽団、ミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団、NDRハノーファー放送交響楽団、ハノーファー、オランダ・フィルハーモニー管弦楽団、オランダ放送室内管弦楽団、ローザンヌ室内管弦楽団、パリ管弦楽団、スイス・ロマンド管弦楽団、ベルギー国立管弦楽団、ルクセンブルク・フィルハーモニー管弦楽団、フィルハーモニア管弦楽団、ロイヤル・フラマン・フィルハーモニー管弦楽団、スペイン国立管弦楽団、ベルリン国立歌劇場管弦楽団、ウィーン交響楽団などとの共演が含まれます。指揮者としてはマルク・アルブレヒト、ダニエル・バレンボイム、ヴァレリー・ゲルギエフ、グルベリグ・イェンセン、ハーディング、ヘンゲルブロック、ヘレヴェッヘ、ヤノフスキ、クライツベルク、クリヴィヌ、ルイージ、ナガノ、サラステ、ソリョーム、ティーレマン、ヴェンツァゴ、フォン・ドホナーニなどと共演しています。さらに、アムステルダム、バルセロナ、ベルリン、フィレンツェ、ロンドン(ウィグモア・ホール)、ルツェルン、マドリード、ミラノ、ミュンヘン、ニューヨーク(カーネギー・ホール)、パリ、バンクーバー、ヴェルビエでのリサイタルにも出演しています。今年のシーズンには、マリー=エリザベート・ヘッカーはシューベルティアーデでのリサイタルデビュー、ワイマール国立歌劇場管弦楽団とシュテファン・ソリョームとのデビュー、ボルドー・アキテーヌ国立管弦楽団とサシャ・ゲッツェル、ベルリン放送交響楽団とマレク・ヤノフスキ、フランクフルト放送交響楽団とジェレミー・ローラー、シャンゼリゼ管弦楽団とフィリップ・ヘレヴェッヘ、ミュンヘン室内管弦楽団とアレクサンダー・リーブライヒ、パリ国立オペラ管弦楽団とフィリップ・ジョルダン、ベルン交響楽団とジョセップ・ポンス、そしてヴァレリー・ゲルギエフ指揮のマリインスキー劇場管弦楽団への復帰を果たします。室内楽のコンサートでは、夫であるマルティン・ヘルムヘン、ヴェロニカ・エーバーレ、アントワーヌ・タメスティと共にアムステルダム、ベルリン、パリで演奏しています。
Music Road Rwandaとの協力により、マリー=エリザベート・ヘッカーは定期的にルワンダを訪れ、地元の音楽学校をコンサートや教育プロジェクトで支援しています。
マリー=エリザベート・ヘッカーは1864年製のルイージ・バジョーニのチェロを使用しています。