ジョン・ネルソンは1998年からパリ管弦楽団の音楽監督を務めています。彼は世界中の都市で指揮を行っており、アメリカではニューヨーク、ロサンゼルス、フィラデルフィア、ボストン、クリーブランドの各オーケストラ、ヨーロッパではロンドン交響楽団、ロイヤル・フィルハーモニック、ドレスデン国立歌劇場管弦楽団、ライプツィヒ・ゲヴァントハウス管弦楽団、パリ管弦楽団、フランス国立管弦楽団、トゥールーズ・カピトール国立管弦楽団などで指揮を行っています。アジアでも演奏を行っています。
ジョン・ネルソンはオペラを好み、1972年にニューヨークで初めて指揮し、1974年にはメトロポリタン歌劇場で指揮をしました。これにより彼の国際的な評価が高まり、ベルリオーズのレ・トロイアンズでジュネーヴ大劇場にてヨーロッパ・デビューを果たし、フランスではベアトリスとベネディクトを指揮しました。その後、シカゴ・リリック・オペラ、オペラ=バスティーユ、リヨン歌劇場、ローマ歌劇場、ブリュッセルのモネ劇場など世界有数のオペラハウスで指揮を行っています。
偉大な宗教的名作は彼の仕事の中心的な位置を占めています。彼は主要な合唱作品の解釈で有名になりました。このレパートリーへの献身から、現代の宗教音楽を推進する作曲家や指揮者を支援する組織「ソリ・デオ・グロリア」を設立しました。
彼の録音リストは豊富で多様であり、EMI、ヴァージン・クラシックス、ソニー、ドイツ・グラモフォン、デッカ、BMG、エラートなどと仕事をしています。最新の録音で受賞した賞には、ヘンデルのセメレでのグラミー賞、ベルリオーズのベアトリスとベネディクトでの「ディアパゾン・ドール・ド・ラネ」、そして2004年にパリ管弦楽団と共に受賞した2つの「ヴィクトワール・ド・ラ・ミュジーク・クラシック」があります。2008年9月以降、ジョン・ネルソンはパリ管弦楽団の名誉音楽監督を務めています。