ジョン・エリオット・ガーディナーのレパートリーの広さは、主にドイツ・グラモフォンとフィリップス・クラシックスのために制作された250以上の録音によって示されており、これらは数多くの国際的な賞を受賞しています。長年にわたり、ガーディナーは他のどのアーティストよりも多くのグラモフォン賞を受賞しています。録音にはハイドンの6つの晩年のミサ曲や、2004年夏のサンティアゴ巡礼ツアーに合わせてエマーシーからリリースされたサンティアゴ・ア・カペラのCDが含まれます。最近では、2000年のバッハ巡礼ツアーからのバッハ・カンタータの録音を自身のレーベル、ソリ・デオ・グロリアからリリースしました。最初のリリースは2005年にグラモフォン年間最優秀録音賞を受賞しました。
2007年2月、サー・ジョン・エリオット・ガーディナーはパリのシテ・ドゥ・ラ・ミュジックで「ドメーヌ・プリヴェ」と題された一週間にわたるイベントの主役となり、ラモーとその同時代の作曲家の音楽に焦点を当てました。これにはラモーの『カストールとポリュックス』のコンサート公演や、ブスカイドとルサ・リュベック舞踊団との刺激的なコラボレーションが含まれ、これは最近BBCプロムスでも再演されました。
2007年には、オーケストル・レヴォリューショネール・エ・ロマンティックとモンテヴェルディ合唱団と共に、ブラームスを基にした5つのプログラムを28回上演する野心的なプロジェクトを開始し、2008年秋に完結予定です。2007年12月には、モンテヴェルディ合唱団とパリのオペラ・コミックとの刺激的なコラボレーションが始まりました。ジョン・エリオット・ガーディナーはオーケストル・レヴォリューショネール・エ・ロマンティックとモンテヴェルディ合唱団を指揮し、エマニュエル・シャブリエのオペラ・ブッフ『レトワール』の全8回の舞台公演を行いました。2008年5月にはロイヤル・オペラ・ハウス、コヴェント・ガーデンに戻り、『シモン・ボッカネグラ』を指揮しました。
ジョン・エリオット・ガーディナーは最近、ロンドン交響楽団と共に3年間のベートーヴェン・サイクルを開始し、チェコ・フィルハーモニー管弦楽団やシカゴ交響楽団にもゲスト出演しています。
1987年にリヨン大学から名誉博士号を授与され、1996年には芸術文化勲章コマンドゥールに任命されました。1992年にはロンドンのキングス・カレッジと王立音楽院の名誉フェローとなりました。1998年の女王誕生日勲章リストでナイトの称号を受けました。