彼はサンドリーヌ・ピオー、ヴェロニカ・カンジェミ、マティアス・ゲルネ、フィリップ・ジャルスキー、マリー＝ニコル・ルミュー、ナタリー・シュトゥッツマン、ジェニファー・ラルモア、サラ・ミンガルド、マリヤナ・ミヤノヴィッチなどのソリストをフィーチャーした交響曲、協奏曲、ミサ曲、カンタータ、オラトリオなど、多くの器楽および声楽作品の指揮を務めています。彼の録音は、ディアパソン・ドール、ル・モンド・ドゥ・ラ・ミュージックのショック・ド・ラネ、ヴェネツィアのアントニオ・ヴィヴァルディ国際ディスク賞、シャルル・クロス音楽アカデミー大賞、ベルギーのセシリア賞、ヴィクトワール・ドゥ・ラ・ミュージック・クラシック賞、そして2006年のBBCミュージックマガジン賞など、数々の国際的な賞を受賞しています。
彼はフランスの主要なフェスティバルや会場（シャンゼリゼ劇場、シャトレ劇場、パリ・オペラ座、トゥールーズのグラン・アンテルプリート、アンブロネイ音楽祭、リヨン旧市街音楽祭）や、ヨーロッパの主要文化都市（コンセルトヘボウ、ベルリンのコンツェルトハウス、ウィーン、マドリード・オペラ座、ブリュッセルの美術宮殿など）、さらに世界各地（2008年2月にニューヨークのカーネギーホールでデビュー）で、彼のアンサンブルと共にソリストおよび指揮者として出演しています。
2006年2月にパルマ歌劇場で《魔笛》を指揮した後、シャンゼリゼ劇場でアンサンブル・マテュースと共にグルックの《レクイエム》を演奏し、続いてビルバオで新制作の《魔笛》（演出：クラウディオ・アバド）を手掛け、さらに2007/08シーズンの開幕公演をイタリアの名門パルマのレッジョ劇場で行いました。アンサンブル・マテュースはシャトレ劇場に常駐しており、これまでにロッシーニの《ラ・ピエトラ・デル・パラゴーネ》（演出：グイド・コルセッティ／パオロ・ソリン）やメサジェの《ヴェロニク》を演奏しています。その他の最近の出演には、エディンバラ国際音楽祭の開幕週末にスコティッシュ室内管弦楽団と共演したヴィヴァルディの《オルランド・フリオーソ》、パリ国立オペラ座でのヘンデルの《アルチーナ》、アンサンブル・マテュースとのヴィヴァルディ《ラ・フィーダ・ニンファ》のツアーと録音、ウィーン劇場でウィーン交響楽団と共演した《魔笛》などがあります。
2008/2009シーズンには、スピノジはシャンゼリゼ劇場およびミュンヘンのガスタイク・フィルハーモニーで《コジ・ファン・トゥッテ》を指揮し、シャトレ劇場でモンテヴェルディの《ヴェスパーズ》の舞台版、ウィーン劇場とナンシー歌劇場でヘンデルの《メサイア》の舞台版を指揮しました。アンサンブル・マテュースとのコンサートでは、フィリップ・ジャルスキー、スーザン・グラハム、ヴィヴィカ・ジェノー、マイケル・マニアッチ、エマニュエル・パユと共演しています。また、スピノジはジェニファー・ラルモアと共にトゥールーズ国立カピトール管弦楽団およびロシア国立フィルハーモニー管弦楽団を指揮し、ピアニストのデヴィッド・フレイと共にモンテカルロ・フィルハーモニー管弦楽団を指揮しました。
ジャン＝クリストフ・スピノジは2006年にフランス文化大臣より芸術文化勲章シュヴァリエを授与されました。また、2007年にはリリック・ディスク・アカデミーから「最優秀オペラ指揮者賞」を受賞しています。
