通奏低音奏者として多くの著名なソリストと共演した後、彼女は国際的にゲスト指揮者としての需要が高まりました。2001年にはヘンデルの『ロデリンダ』で顕著な成功を収め、その後グラインドボーン・ツアー・オペラで『テオドラ』を指揮しました。それ以来、彼女はグラインドボーン音楽祭に定期的に出演し、2006年にヘンデルの『ジュリオ・チェーザレ』、2008年にモンテヴェルディの『ポッペアの戴冠』を上演しました。また、バーミンガム交響楽団（CBSO）、スコティッシュ室内管弦楽団、ベルリン・ドイツ交響楽団、フランクフルト放送交響楽団（ヘッシッシャー・ルントフンク管弦楽団）を指揮し、2008年3月にはベルリン・フィルハーモニー管弦楽団とデビューを果たしました。
2000年にエマニュエル・エイムは、類似した音楽的気質と表現豊かで自然な様式的アプローチを共有する熟練の歌手と奏者のグループを結成しました。彼女は彼らとともに自身のアンサンブル、ル・コンセール・ダストレを結成し、フランスのバロック作品（ラモー、リュリ）からモンテヴェルディ、パーセル、ヘンデル、モーツァルトまで幅広く成功を収め、パリからニューヨークまでの会場や国内外の音楽祭で演奏を行っています。2003年にはヴィクトワール・ド・ラ・ミュジーク・クラシックで年間最優秀アンサンブルに選ばれました。
ル・コンセール・ダストレは2004年にリール・オペラの常設アンサンブルとなり、毎年舞台公演を行い、最初はヘンデルの『タメルラーノ』でした。アンサンブルはリールやフランス各地（リール国立歌劇場、カーン劇場、ボルドー歌劇場、トゥールーズ・カピトル劇場）でのコンサートのほか、パリのシャトレ劇場やシャンゼリゼ劇場、国外ではアムステルダムのコンセルトヘボウ、ロンドンのバービカン・センター、ニューヨークのリンカーン・センター、ウィーンのコンツェルトハウス、ポツダム音楽祭などで演奏しています。
エマニュエル・エイムはジャン＝フランソワ・シヴァディエ、ロバート・カーセン、ロバート・ウィルソン、デイヴィッド・マクヴィカー、サンドリーヌ・アングラード、スチュアート・サイド、ジョルジョ・バルベリオ・コルセッティ、そして最近では2011年初頭にパリのパレ・ガルニエでのヘンデル『ジュリオ・チェーザレ』公演でローラン・ペリーといった舞台演出家と協働しています。2001年以降、エマニュエル・エイムとル・コンセール・ダストレはヴァージン・クラシックス専属で録音を行っており、彼らのディスクは批評家から一貫して高い評価を受け、パーセルの『ダイドーとエネアス』やモンテヴェルディの『ロルフェオ』でグラミー賞ノミネートを果たし、2009年の『ラメンティ』や2008年のフィリップ・ジャルスキーとのディスク『カレスティーニ、カストラートの物語』でヴィクトワール・ド・ラ・ミュジーク・クラシック賞を受賞しています。
エマニュエル・エイムは2009年にレジオン・ドヌール勲章シュヴァリエを受章し、芸術文化勲章シュヴァリエでもあります。ロンドン王立音楽院の名誉会員の称号も持っています。
