1992年の彼女の最初の録音はアントニオ・ヴィヴァルディのラ・グリゼルダでした。それ以来、ヘンデル、バッハ、ヴィヴァルディ、ポルポラ、ボノンチーニ、スカルラッティのバロック時代の作品や、チマローザ、ペルゴレージ、パイジェッロ、パヴェージのナポリの喜劇オペラ、モーツァルトの傑作、そしてロッシーニのオペラの主役を演じています。アンナ・ボニタティブスは、ロンドンのコヴェントガーデン、アムステルダムのネーデルランデ・オペラとコンセルトヘボウ、ミュンヘンのバイエルン州立歌劇場とバイエリッシュ放送、チューリッヒ州立歌劇場、ザルツブルク音楽祭、ドレスデン歌劇場、モスクワのチャイコフスキー・コンサートホール、マドリードのテアトロ・レアル、パリのシャンゼリゼ劇場、ブリュッセルのモネ劇場、ウィーン州立歌劇場、コンツェルトハウス、ウィーン劇場、ローマのサンタ・チェチーリア音楽院、パリのサル・プレイエル、ヴェネツィアのテアトロ・ラ・フェニーチェなど、世界で最も有名なオペラハウスやコンサートホールに頻繁に出演しています。
1999年には、マエストロ・リッカルド・ムーティ指揮のモーツァルトのドン・ジョヴァンニでミラノのスカラ座にデビューしました。同じ年には、ナポリのサン・カルロ劇場でベッリーニのノルマの新制作でアダルジーザを歌いました。2000年にはリヨン歌劇場シーズンの開幕で、ロッシーニのチェネレントラのアンジェリーナを歌い、この役はボローニャのテアトロ・コミュナーレ、ドレスデン歌劇場、ミュンヘンのバイエルン州立歌劇場、チューリッヒ歌劇場、ローマ歌劇場、ラス・パルマス、モスクワ、フランクフルトでも何度も演じています。ロッシーニのセヴィリアの理髪師のアンジェリーナとロジーナは、フィレンツェとパルマのテアトロ・レージョで演じており、彼女のお気に入りの役の一つです。
モーツァルトのフィガロの結婚のケルビーノ（ロンドン、パリ、ミュンヘン、トリノ、バレンシア）、ティートの慈悲のセスト（アムステルダム、コペンハーゲン、ブダペスト）、ベッリーニのカプレーティ家とモンテッキ家のロメオ（テネリフェ、モスクワ、ジェノヴァ）での演奏により、アンナ・ボニタティブスはトラヴェスティ役の第一人者となっています。
その後もアンナ・ボニタティブスはモーツァルトとロッシーニのオペラのほとんどの主役を演じ続け、バロック作品の世界的に評価された演奏も行っています。彼女はミュンヘンのバイエルン州立歌劇場、リヨン歌劇場、コヴェントガーデン、バーデン＝バーデン、マドリードのテアトロ・レアル、シャンゼリゼ劇場、チューリッヒ歌劇場、ペーザロのロッシーニ音楽祭などに招待されています。
2011年には、ウィリアム・クリスティ指揮のフランチェスコ・カヴァッリのラ・ディドーネの主役を務め、カーン、ルクセンブルク、パリで開催される大いに期待された公演となりました。
